Les données de l'EDS sont mises à disposition des chercheurs sous la forme de bases de données relationnelles au format OMOP. Réaliser un projet de recherche sur une telle base nécessite de réaliser au préalable de nombreuses manipulations de données telles que des jointures complexes entre tables, manipulations qui sont souvent le reflet de partis pris méthodologiques. Ces manipulations de données sont souvent similaires d'un projet à l'autre et l'objectif du projet Scikit-EDS est d'initier une librairie open-source co-développée avec la communauté EDS et qui permette de mutualiser ces développements et de faciliter la reproductibilité des analyses.